Mal so ins Blaue:
S&S wird über die Kupplung bzw. Kupplung plus Stellung des Schalthebels gesteuert.
Da der Fehler bei dir aber nicht pauschal/ständig, sondern ausschließlich in der beschriebenen Situation auftritt, möchte ich mal in den Raum werfen, dass der Diesel beim zurückschalten in den 3. Gang bei 90 recht hoch drehen dürfte...
Möglicherweise ist die Kupplung bzw. deren Elektronik damit überfordert bzw. dafür nicht ausgelegt und wertet es dann als Defekt.
Dann wird das S&S einfach zwangsabgeschaltet und erst beim Neustart aktiviert.
Kannst ja mal überprüfen, ob der Fehler auch beim Zurückschalten 5.Gang -> 3. Gang bei 85/80/75km auftritt.